(一)核心竞争力不强
盈利模式单一，业务同质化严重。长期以来，经纪业务、自营和承销成为我国证券公司的主流业务，占整个经营收入的90%，其中经纪业务占比达55%，单一化的盈利模式，成为证券公司发展方式转型的重要制约。业务同质化严重，缺乏差别服务和特色服务。在主要业务领域因制度性高额垄断收益竞争非常激烈，佣金价格战愈演愈烈，交易佣金下降给以获取佣金为主要收入来源的证券公司带来行业性经营风险，收入曲线具有高度不稳定性和周期性，这种单一的盈利模式无法满足投资者多元化的投资和融资需求。
业务创新缺乏实践与经验的积累。以业务创新和技术创新为代表的金融创新，将成为我国证券公司发展方式转型的战略重点。一方面，实践与经验的欠缺，是创新业务开展和创新工具运用的最大制约;另一方面金融创新以高风险和高收益并重为特征，证券公司能否把握好效益与安全的平衡点，降低创新业务成本，能否做好包括人才引进和储备、技术保障、制度和机制设计、风险管理等方面充分的准备工作，将决定创新业务开展的成效。
信息系统投入不足、功能效率尚待开发。美林每年信息技术的预算超过20亿美元，有6000名信息技术员工和2200名外部供应商，其中数百人全力投入在线项目。我国证券公司信息技术系统投入普遍不足，系统建设规划与升级严重滞后，2007年多家证券公司在市场交易量持续放大的情况下出现了堵单等影响交易的情况。信息技术的应用也多在网上交易方面。信息技术在咨询服务、运营、风控、管理和监督方面的整合程度和标准化体系建设等重要方面仍然薄弱，网络营销、业务流程、咨询服务等功能也需要进一步开发，这是影响证券公司发展方式转型和提高经营效率的重大障碍。
研究质量和价值转化能力不足。证券公司提升核心竞争力需要强有力的研究和咨询服务能力支持。国外投资银行较商业银行、保险机构的优势之一，就是有着更强的产品研发能力和完善的产品线。如美林证券在全球有800余名分析师，研究水平也得到全球投资界的认同。但我国证券公司研发与经营两张皮的状况尚未根本改变，研发不能与业务发展实行有效融合和互动，研究成果价值转化力不足，缺乏科学的考核指标，能否吸引和留住一流研究人才，充分发挥研发在公司发展模式转型中的积极主导作用，是以人才资源为本的证券高端行业提升竞争力的最大需求。
缺乏协同作用和动态调整机制。国外投行如高盛、美林等都具有较强的动态协同和调整能力，根据发展需要适时改进发展方式和管理模式，在2001年市场萧条的情况下，他们的市场地位不仅没有下降，反而进一步增强。我国证券公司在这方面较为僵化，缺乏灵敏度和快速调整能力，国企思维和行为惯性仍未根除，各个层面、各项业务和前后台之间缺少协同调整机制，各自为战、信息不畅、沟通不足、协调不力，在很大程度上影响了公司决策和运营效率。难以有效整合公司资源形成共同作用的机制。
(二)完善的风险管理体系尚未形成
实践证明，盈利水平与风险管理是证券公司实现稳健、可持续发展的两根支柱。盈利模式的顺利转型和不断完善，离不开全面、先进的风险管理体系支持。目前，我国证券公司的风险识别、控制和管理能力，无论在理念上还是实际操作中，也无论从模型设计、指标确定、技术运用还是先进方法的掌握上，都不适应业务快速发展的需求。绝大多数证券公司的风险管理还停留在定性化、经验化管理阶段，缺少对风险进行量化的工具、预警机制和完备的数据库系统。美国次贷危机警示我们：金融衍生产品的运作与风险的实时预警控制是关联度极高的链条，如同走钢丝，稍有疏忽，风险突发而至。且不说美林、花旗、瑞银等以风险管理领先闻名的国际大投行在次贷危机中损失惨重;我国证券公司两次并购重组风波，也足以说明，高风险是金融脆弱性的根由之一。我国证券公司现行的风险管理体系，漏洞较多，技术含量不高，定量模型研究也正处于积极探索阶段。
(三)公司治理存在的问题
公司治理是现代企业制度的核心，也是国际性难题。20世纪90年代我国开始公司治理研究和股份制改革，由于实践短、知识匮乏，对该领域的规律还缺乏深入的理解。按照《公司法》要求，公司治理架构在股份公司中虽然建立，但公司治理水平仍有待提高。目前，在公司治理中存在的问题主要是：股东权益最大化的治理基础尚不牢固;股权结构过于集中，行政干预对股东利益的侵蚀现象依然存在并制约着公司董事会的决策行为;公司治理结构的相互制衡机制不够完善;董事会的决策水平、效率和作用发挥需要进一步加强;经营层的执行效率及沟通协调能力需要进一步提高;监事会的监督力度需要进一步强化。总之，公司治理的整体意识、行为规范、作用发挥和治理水平直接体现在公司业绩上，对公司实现发展方式转型和提升核心竞争力具有决定性作用。
(四)制度、结构性缺陷对发展方式转型的制约
债券市场发展滞后。资本市场融资体系，必须是一个完善、均衡、健全的体系，目前，资本市场结构严重失衡，突出反映在企业债券市场规模小、金融功能未得到应有的发挥。企业债券是融资成本低、监管适中的资源配置方式，加快企业债券市场发展速度，提高融资比重，改进债券融资方式和创新融资工具，是改进我国资本市场结构和完善融资功能的迫切需求。企业通过发行债券，公司竞争力和品牌形象得到提升，不但为直接融资奠定了必要的基础，而且对于整个资本市场发展，有助于创造出一条更加长期并具有代表性的收益曲线。
投资者结构不合理。在发达国家资本市场上，证券的购买者主要是机构投资者。2007年底，我国的投资者结构中散户占比达51.29%;机构投资者占48.71%，其中证券投资基金占25.68%、一般机构投资者占16.63%、其他机构投资者占6.4%。散户居多的市场具有很大的风险，既缺乏足够的金融知识，投资渠道和投资工具又十分有限，在交易所买进卖出股票，市场大幅波动，广大散户群体承担着很大的市场风险。党的“十七大”报告明确指出要“创造条件让更多群众拥有财产性收入”，有关部门应从体制、政策、制度和监管等方面积极研制相关政策、措施，加大对机构投资者的导向和培育力度，发展更深层次、更具有流动性和透明度的市场，使合格的机构投资者更广泛的参与其中，实现个人投资向机构投资者主导的结构转型，降低资本市场的结构性风险。
发行定价职能尚未市场化。调整投资者结构，必须进一步解放思想，坚持市场化方向，深化发行体制改革。国外IPO发行价格是根据市场需求确定发行价水平。我国A股定价制度历经多次改革，市场化程度有所提高，特别是股改新老划段以来，实行了市场化询价制度，尽管迈出了重要步伐，但由于尚未完全实行市场化定价的原则，定价结果仍然缺乏合理性，成为发行人、机构投资者以及投资银行熟悉和提高市场定价能力的制度性障碍。深化发行制度改革，关键是提高市场定价水平，而定价水平的提高，是以政府和市场职能定位清晰为基本前提的，这个边界既是市场规律的客观要求，也是反映一个国家资本市场成熟程度的标志，更是壮大机构投资者队伍、调整投资者结构的重大举措。
缺乏市场做空机制。目前，我国证券市场依然是单边市，缺乏做空机制。单边的交易规则使投资者只有在股价上涨时才能盈利，如果股市下跌，交易量就迅速萎缩，股市则进一步下跌，形成恶性循环。实践证明，缺乏做空机制的股市，必然滋生泡沫和造成市场的剧烈波动，将扩容与市场承受能力、发展与稳定之间的关系人为对立起来。不改变单边市的游戏规则，中国股票市场的发展将受到限制，整个市场的系统风险在向投资者转移的过程中难以得到降低和释放，更无法提及与国际化接轨的可能性。
